November 1945. Kriget är slut. De tyska soldater som via Baltikum flytt från östfronten och internerats i Sverige ska enligt den tyska kapitulationsakten utlämnas till Sovjetunionen. En av dessa soldater är överstelöjtnant Herman Gerlach, som varit verksam inom den tyska underrättelsetjänsten Abwehr.
Gerlach rymmer från interneringslägret och i samband med rymningen mördas en svensk sjuksköterska brutalt. Såväl polisen som den militära underrättelsetjänsten kopplas in i jakten på rymlingen och den förmodade mördaren, men även den amerikanska och den sovjetiska underrättelsetjänsten visar stort intresse för den tyske officeren. Båda vill ha Gerlach utlämnad eftersom han sägs ha exceptionella kunskaper om både Röda armén och Sovjetunionen.
Den svenska regeringen hamnar i en besvärlig sits och tvingas till en närmast omöjlig balansgång i sina försök att inte stöta sig med någon av stormakterna. Situationen blir alltmer spänd och kraven från de båda supermakterna allt hårdare. Snart tycks det som om själva den svenska nationella suveräniteten står på spel.
Gerlachs skugga är en agentroman, en politisk thriller, som utspelar sig i skuggan av den så kallade baltutlämningen.